Die Feldmochinger Kirche wurde erstmals zur Zeit Kaiser Karls des Großen urkundlich erwähnt, im Codex Cozroh, einer Freisinger Handschrift aus der Zeit des Bischofs Atto von Freising (738-811), dem 4. Nachfolger des Hl. Korbinian. Aus dieser Zeit stammt das Patrozinium St. Peter. Im späten Mittelalter (1524) kam dann noch der Hl. Paulus als Schutzheiliger hinzu.

Die ersten Kirchen auf dem  „Gfild” oder „Gfüll”, wie die Ebene seit jeher genannt wurde, waren Eigenkirchen der jeweiligen Grundherren. Die Feldmochinger Kirche gehörte der Sippe der Macho oder Mocho. Es scheint erwiesen, dass diese Sippe zur Familie der Preisinger (heute: die Grafen von Preysing) gehörte und somit auch mit einem der fünf ältesten bajuwarischen Adelsgeschlechter, den Fagana, verwandt war.

Der erste namentlich bekannte Feldmochinger Pfarrer war Luitfried, ein Preisinger.

Die Sippe der Mochinger war bis ins 11. Jahrhundert im Ort begütert und stellte mehrere Priester, unter anderem auch Heribert (Herbordus), der 1142 Pfarrer und 1168 sogar Dekan in Feldmoching war. Bald darauf übernahm er die eben erst gegründete Pfarrei St. Peter in München. Der Feldmochinger Dekan war damit nun Dekan von München. Alexander Freiherr von Reitzenstein wirft in seinem Buch „Frühe Geschichte rund um München” sogar die Frage auf, ob St. Peter in München ein Ausbruch aus dem Sprengel der Feldmochinger Pfarrei sein könnte. Auch die Namensgleichheit deutet in diese Richtung. Jedenfalls kann das 12. Jahrhundert als die Blütezeit Feldmochings angesehen werden.

In den Matrikeln des Bistums Freising von 1315, 1524 und 1738/40 finden wir interessante Hinweise zur Pfarrgeschichte.

Die „Konradinische Matrikel” von 1315 führt die Kapelle St. Nikolaus an, die an der Stelle des städt. Gebäudes hinter der Mariensäule (heute Metzgerei Woite) lag. Ebenso werden die Filialkirchen St. Martin in Moosach, Ober- und Niederhochmutting und Schleißheim erwähnt. St. Georg in Milbertshofen wird nicht aufgeführt, gehörte aber schon immer zum Feldmochinger Sprengel.

Die „Jüngere Matrikel” von 1524 nennt erstmals den hl. Paulus als zweiten Patron und verschiedene Kapellen und Klausen in Schleißheim.

Die „Schmidt'sche Matrikel” von 1738/40 überliefert eine Vielzahl von Schleißheimer Kapellen und die Namen der Altäre in der Pfarrkirche:

• Hauptaltar St. Peter und Paul
• Marienaltar
• Altar der hl. Anna (Altar der Rochusbruderschaft von 1731)

Im Jahr 1803 kamen noch die neuen Siedlungen Augustenfeld und Ludwigsfeld zu unserer Pfarrei. Doch bald bröckelten Teile des Pfarrsprengels ab:

• 1879 wurde St. Georg in Milbertshofen exponierte Kuratie, 1902 eigene Pfarrei
• 1909 St. Martin in Moosach
• 1922 St. Margareth in Schleißheim
• 1927 St. Christoph in der Fasanerie
• 1932 St. Agnes in der Lerchenau
• 1935/36 Zu den Vierzehn Nothelfern im Harthof
• 1953 Mariä Sieben Schmerzen im Lager Frauenholz
• 1955 St. Gertrud im Harthof
• 1960 St. Nikolaus in der Siedlung am Hasenbergl

Heute ist St. Peter und Paul eine lebendige Stadtgemeinde mit einem vielfältigen religiösen, sozialen und kulturellen Leben. Die Pfarrei zählt knapp 4.000 Katholiken. Etwa 200 Ehrenamtliche engagieren sich in der Gemeinde.

Seit April 2012 bildet die Pfarrei zusammen mit den Nachbarpfarreien St. Christoph (Fasanerie) und St. Johannes Evangelist (Siedlung am Lerchenauer See) den Pfarrverband Fasanerie-Feldmoching - in Zeiten abnehmender Priester- und Gläubigenzahlen eine pastorale Notwendigkeit. Sitz des Pfarrverbands ist St. Peter und Paul. Um die seelsorglichen Belange der Gemeindemitglieder kümmert sich jetzt ein Seelsorgeteam.

Zusammen mit den beiden Schwesterpfarreien und weiteren zehn Pfarreien des Münchner Nordens gehört St. Peter und Paul zum Dekanat München-Feldmoching, das 1967 im Zuge der Neuorganisation der Dekanate gegründet wurde. Bis 1966 war die Pfarrei dem Dekanat München Nord-West zugeordnet.